참여정부는 정부 산하기관의 자율적 운영을 보장하기 위해 2003년 정부산하기관관리기본법을 제정했다. 이 법에 따라 임기 만료 등으로 기관장을 선임할 때는 의무적으로 기관장추천위원회를 구성·운영하도록 돼 있다.
이 추천위에는 정산법상(6조 2항) 민간위원이 반수 이상 포함돼야 한다. 이 법의 시행령은 그 밖에 기관장 선임과 관련해 필요한 사항은 해당 기관의 정관이나 내부 규정으로 정하도록 명문화하고 있다.
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