군검찰단 내부 갈등이 본격적으로 표면화된 것은 지난해 8월말, 병역비리 수사와 관련해 국회 법사위 증언대에 선 군법무장교들 간의 엇갈린 진술이 TV를 통해 전국으로 생중계되면서부터였다.
1999년 병무비리 수사 때 이회창 전 한나라당 총재의 큰아들 정연 씨의 불법 면제 첩보를 입수해 이를 군검찰이 내사했느냐 여부를 놓고 법무장교들 간에 진실게임이 벌어졌던 것. 당시 김창해 법무관리관과 고 석 법무과장측은 그러한 첩보를 보고받지도, 내사한 사실도 없다고 주장했다.
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