부가가치세 과세 여부 따져봐야그런데 실무상 어떤 사업양수도 계약이 부가가치세법이 인정하는 포괄 양수도 계약에 해당하는지를 판단하기 어려운 경우가 있다. 이때 만약 포괄 양수도 계약임에도 세금계산서를 발급하고 부가가치세 신고를 한 경우에는 거꾸로 매입세액을 공제받은 양수인에게 매입세액 추징 및 신고/납부불성실 가산세 등이 발생할 수 있고, 반대로 포괄 양수도 계약이 아님에도 부가가치세 신고를 하지 않은 경우에는 양도인이 매출부가가치세를 추징당하고 세금계산서 미교부 가산세, 신고/납부불성실 가산세 등이 발생할 수 있으며, 양수인도 매입세액불공제의 불이익 등이 있을 수 있다. 거래당사자들의 불필요한 자금 압박 등 부담을 경감해주기 위한 정책상 배려에 기초하는 규정이 오히려 거래당사자들에게 예상치 못한 큰 손해를 입히는 칼날이 되어 돌아올 수 있는 것이다.판단상의 어려움은 여러 국면에서 발생하는데, 가령 포괄 사업양수도 정의 중 ‘사업장별’ 요건과 관련한 실무상 질문도 많다. 이때 ‘사업장별’ 승계의 의미는 둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 그중 하나의 사업장에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미 지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 양도하는 경우를 포함한다. 포괄적 사업양도인지 여부는 ‘사업장별’로 사업용 자산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는지 여부로 판단하므로 회사의 사업장별로 상표권 등 무형자산을 포함한 모든 자산과 부채, 종업원의 승계가 이루어지는지 여부에 따라 판단되어야 한다.여기서 더 구체적으로 들어가면 도대체 어디까지가 사업장과 관련된 자산인지 판단하기 애매한 경우가 많다. 또 기획재정부와 국세청은 사용하던 부동산의 승계가 이루어지지 아니한 경우 포괄 사업양도에 해당하지 아니한다고 해석한 사례도 있어 여러모로 판단이 쉽지 않다.매우 어렵고 기술적인 판단이 필요한 영역인데, 대부분의 사업양수도 거래법인을 그런 부분까지 정확히 판단해서 부가가치세 과세 대상인지 아닌지를 판단하도록 강요하는 것은 불합리한 측면이 크다. 거래를 할 때 양도인은 나중에 매출부가가치세가 과세될 위험을 방지하기 위해서 거래가 포괄 사업양수도에 해당하지 않는다고 주장하면서 양수인에게 10% 부가가치세를 더 요구할 유인이 있는 반면, 양수인은 괜히 그렇게 진행했다가 나중에 포괄 사업양수도에 해당한다고 판단되면 매입세액공제를 부인당할 위험이 있어 꺼린다. 이해관계가 정면으로 상충되는 상황인데 판단은 어려워서, 오래전부터 원활한 사업양수도 거래를 저해한다는 지적이 많았다.이러한 문제점을 보완하기 위해 부가가치세법은 2014년 1월 1일 이후 사업을 양도하는 분부터는 양수자 대리납부제도(부가가치세법 제52조 제4항)를 두어 양수법인이 부가가치세를 바로 세무서에 납부한 후 이를 자신의 매입세액으로 공제받을 수 있도록 했다. 즉, 포괄 사업양수도에 해당하는지 여부가 ‘분명하지 아니한 경우’에는 양수인이 양수대금의 10%에 해당하는 부가가치세를 양도인에게 지급하는 것이 아니라, 양수인 스스로 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 관할 세무서장에 납부함으로써 관련 매입세액을 안전하게 공제받을 수 있게 됐다.부가가치세 대리납부 제도를 이용하면 포괄적 사업 양수도 여부에 관계없이 양도인과 양수인 모두 부가가치세 측면에서 예측하지 못한 손해를 입을 가능성을 미연에 방지할 수 있다.- 이재홍 김앤장 법률사무소 변호사